Die Universität wurde im Juli 1991 gegründet und im Oktober 1992 in ihrem ersten akademischen Jahr. Gründungsrektor der Universität war Knut Ipsen (1991–1993). Von 1993 bis 1999 Richt Rektor Hans Weiler, bis im Jahr 1999 Präsidentin Gesine Schwan das Amt Erhöht.

Im Jahr 2004 erlangte die Universität Bekanntheit durch die Nominierung ihrer Präsidentenin Gesine Schwan zur Kandidatin für das Amt des Bundespräsidenten durch die SPD und Bündnis 90 / Die Grünen.

Im Sommersemester 2006 wurde an der Viadrina die Feierlichkeiten zur 500-Jahr-Feier der Universität geprüft, die Bezugnahme auf die 1811 geschlossene Universität, die Alma Mater Viadrina, die wurde und der 15. Geburtstag der 1991 gegründeten Universität erhalten.

Standorte

Die meisten Gebäude und Wohnheime der Viadrina sind im Kern der Stadt, direkt am Fluss und in der Nähe der Grenzbrücke, gelegen. Zusätzlich zu den fünf Studierendenwohnheimen in der Stadt selbst ist den Studierenden der Viadrina die Möglichkeiten gegeben, Wohnheime in der polnischen Nachbarstadt Słubice zu beziehen. Die Studierendenwohnheime in Frankfurt/Oder sind durch das Tramsystem direkt mit der Universität verbunden.

Im über hundert Jahre alten ehemaligen Regierungsgebäude im Stadtzentrum befinden sich die Universitätsbibliothek, Seminarräume sowie die Büros des Präsidenten, vieler Lehrstühle und große Teile der Universitätsverwaltung.

Die Universitätsbibliothek wurde terrassenartig in den Innenhof des Hauptgebäudes gebaut. Der konventionelle Medienbestand der Bibliothek umfasst ca. 523.000 Bände und fast 1.200 laufende Zeitschriften. Weiterhin bietet sie 408 Benutzerarbeitsplätze. Die Bibliothek hat den Status eines Europäischen Dokumentationszentrums und ist Mitglied des Kooperativen Bibliotheksverbundes Berlin-Brandenburg (KOBV).

Das Gräfin-Dönhoff-Gebäude, benannt nach Marion Gräfin Dönhoff, ist ein Neubau. Hier befinden sich die Mehrheit der Hörsäle und Seminarräume sowie die Haupt-Mensa.

Im Auditorium Maximum befinden sich u. a. das Studierendensekretariat, mehrere Seminarräume, Lehrstühle, das Internationale Büro der Uni, Verwaltungseinheiten und der größte Hörsaal der Universität (Platz für 600 Studierende).

Im Westteil der Stadt befindet sich in der ehemaligen Kaserne in der August-Bebel-Straße ein nahegelegener Nebencampus (Sprachenzentrum). Hier finden die meisten Sprachkurse der Universität statt.

Fakultäten und Studienangebot

1. Kulturwissenschaftliche Fakultät
2. Institut für transkulturelle Gesundheitswissenschaften
3. Juristische Fakultät
4. Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät